История создания Союза кинематографистов Азербайджана берет начало с января 1958 года, когда было сформировано «Организационное бюро Союза работников азербайджанской кинематографии». Возглавил Бюро кинорежиссер Лятиф Сафаров, заместителем был избран кинорежиссер Гусейн Сеидзаде. В Оргбюро были организованы пять секций: «Художественная кинематография», «Драматургия, теория и критика», «Документальная и научно-популярная кинематография», «Наука и техника», «Любители кино». Общее число членов Союза работников азербайджанской кинематографии составляло 82 человека.

10 февраля 1960 года был открыт Дом кино. К этому времени число членов Союза достигло ста человек: режиссеры, сценаристы, операторы, актеры, художники, композиторы.

Окончательно Союз кинематографистов Азербайджана был сформирован на I Учредительном съезде, который состоялся 11 января 1963 года. Председателем правления организации был избран кинорежиссер Лятиф Сафаров.

На II съезде СК Азербайджана (22-23 декабря 1964 года) председателем правления организации был избран кинорежиссер Гасан Сеидбейли.

В марте 1976 года при Союзе был создан Азербайджанский отдел Бюро пропаганды советского киноискусства, который ежегодно проводил большое количество творческих встреч, организовывал просмотры фильмов для населения.

В мае 1981 года на V съезде СК Азербайджана первым секретарем Правления организации был избран кинодраматург Рустам Ибрагимбеков.

VI съезд, который состоялся в 1985 году, был посвящен текущим проблемам кинематографа. Председателем правления СК Азербайджана был избран кинорежиссер Эльдар Кулиев.

VII съезд прошел в 1990 году. Председателем правления СК Азербайджана был избран Рустам Ибрагимбеков. Союз кинематографистов совместно с Производственным объединением «Азеркиновидео» осуществил разработку новой концепции и программы развития национального кинематографа в новых общественно-социальных обстоятельствах.

15-16 декабря 1995 года был проведен VIII съезд СКА, первый со времени обретения Азербайджаном независимости. Была разработана концепция развития национального кино в новых условиях.

В 1996 году в Азербайджане был проведен первый Бакинский Международный кинофестиваль «Восток-Запад». Организаторами выступили Союз кинематографистов Азербайджана и Фонд 100-летия мирового кино при поддержке Конфедерации Союзов кинематографистов стран СНГ и Балтии. Фестиваль получил признание кинематографистов на всем постсоветском пространстве.

В эти года СК Азербайджана выступил инициатором формирования законодательной базы, регулирующей кинематографическую деятельность в республике; в 1998 году Милли Меджлисом АР был принят Закон «О кино».

В январе 2003 года состоялся IX Съезд СК Азербайджана. В итоговой резолюции нашли отражение такие важные вопросы, как развитие кинообразования, подготовка кадров. По итогам съезда председателем СКА вновь был избран Рустам Ибрагимбеков, первым секретарем – народный артист Азербайджанской ССР Расим Балаев.

13 мая 2005 года был проведен Пленум Правления СКА, где обсуждалась ситуация в национальном кинематографе за прошедшие после съезда два года.

На X – юбилейном Съезде СКА, который состоялся 30 мая 2008 года, с отчетным докладом о проделанной работе выступил первый секретарь Союза кинематографистов Расим Балаев. Председателем творческой организации вновь был избран Рустам Ибрагимбеков.

В том же 2008 году состоялась встреча председателя СКА с Президентом Азербайджана Ильхамом Алиевым. Глава государства одобрил «Государственную программу развития азербайджанского кино на 2008-2018 годы», предложенную Рустамом Ибрагимбековым.

С 2012 года в День национального кино Союз кинематографистов Азербайджана вручает членам СКА и молодым кинематографистам кинопремию за вклад в развитие отечественного кино и создание новых кинофильмов (за прошедшие годы кинопремии были удостоены режиссер, сценарист, актер Фикрет Алиев, режиссер, сценарист, продюсер Асиф Рустамов, актер, народный артист Азербайджана Фахреддин Манафов, кинорежиссер, заслуженный деятель искусств Азербайджана Зия Шихлинский, художник-постановщик, режиссер-мультипликатор, заслуженный деятель искусств Азербайджана Фирангиз Гурбанова, актер, народный артист Азербайджана Фуад Поладов, кинорежиссер Таир Алиев, кинооператоры Низами Аббас и Юрий Варновский, звукорежиссер, заслуженный деятель культуры Азербайджана Асад Асадов, актриса, заслуженная артистка Азербайджана Мехрибан Зеки, режиссер-аниматор Джавид Ахадов, композитор Джаваншир Гулиев, кинопродюсер Адиль Гуламов, диктор, народный артист Азербайджана Рафиг Гусейнли, звукорежиссер Кямал Сеидов, режиссер, заслуженный деятель искусств Азербайджана Мирбала Салимли, кино- и телережиссер, кинодраматург Назим Рза, народный писатель Азербайджана Анар, композитор Рауф Алиев (посмертно), дипломат и общественный деятель Рамиз Абуталыбов).

17 февраля 2019 года состоялось заседание правления Союза кинематографистов Азербайджана, в ходе которого состоялось обсуждение организационных вопросов. Было принято решение о проведении XI Съезда СКА.

4 июня 2019 года состоялось второе заседание правления СКА, в рамках которого были обсуждены вопросы подготовки к XI Съезду Союза кинематографистов, определена повестка дня и дата его проведения. Было принято решение о восстановлении деятельности Киношколы и Дома кино.